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Antes × depois de 2016: o que mudou nos estudos com zebrafish feitos na PUC
109 artigos experimentais com zebrafish, feitos na PUCRS, lidos no texto completo. Comparamos os experimentos de antes de 2016 (75 artigos) com os de 2016 em diante (34). Cada dado foi lido por um agente de IA, que citou o trecho do artigo, e conferido por um segundo agente independente. Ainda não foi conferido por ninguém do laboratório. Análise e página elaboradas por attrindade.com.
Como chegamos aos 109 artigos
460
1. Todos os registros
181
2. Zebrafish no corpus
113
3. Feitos na PUC
109
4. Estudos experimentais (sem revisões nem triagem de toxicidade)
Dos 109: 85 estão no currículo da Carla e 24 só nos de Mônica, Rosane ou Maurício. Critérios em registros/criterios_corpus.md.
Ano do experimento. Usamos o ano do protocolo da comissão de ética, que 84 dos 109 artigos trazem. Nesses, a publicação saiu, na mediana, 3 anos depois do protocolo (metade entre 2 e 4 anos). Nos outros 25, o ano é estimado como publicação − 3. Os protocolos recentes têm número de 4 dígitos sem ano, por isso 23 dos 34 do grupo “depois” têm ano estimado. A tabela mais abaixo refaz tudo de outros jeitos.
O que mudou
Cinza: antes de 2016 (75 artigos). Azul: 2016 em diante (34 artigos). Medimos o que o artigo relata; não relatar não quer dizer que não foi feito.
Parâmetros da água: de metade para quase todos
Pelo menos dois entre temperatura, pH, condutividade, oxigênio dissolvido e amônia. O ciclo de luz não conta.
Antes
52%(39 de 75)
Depois
97%(33 de 34)
Contando também o ciclo de luz, quase todos já relatavam antes: 92% → 97%. A diferença está nos parâmetros químicos da água.
p < 0,001
Sorteio dos animais entre os grupos
O artigo diz que os animais foram distribuídos ao acaso entre os grupos.
Antes
5%(4 de 75)
Depois
32%(11 de 34)
Contando também “escolhidos ao acaso” (sem sorteio entre grupos): 12% → 44%.
p < 0,001
Software de rastreamento — e troca de programa
Software que segue o peixe no vídeo, citado nos métodos. Antes: ANY-maze 33, EthoVision 4. Depois: EthoVision 27, ANY-maze 3.
Antes
49%(37 de 75)
Depois
88%(30 de 34)
p < 0,001
A linhagem AB passa a ser a regra
Entre os artigos que dizem a linhagem. Antes, quase todos diziam só “selvagem”. Acompanha a troca de peixe comprado por colônia própria.
Antes
2%(1 de 68)
Depois
82%(28 de 34)
Peixe de fornecedor comercial, entre os que dizem a origem: 41 de 71 antes → 1 de 32 depois.
p < 0,001
Critério de exclusão de animais
O artigo diz quando e por que animais foram retirados da análise.
Antes
21%(16 de 75)
Depois
59%(20 de 34)
Cálculo do tamanho amostral relatado: 0 de 75 → 5 de 34 (p = 0,002).
p < 0,001
Avaliação cega
Quem mediu o comportamento não sabia o grupo do animal.
Antes
8%(6 de 75)
Depois
27%(9 de 34)
Pelo ano de publicação a diferença é menor: 10% → 17% (p = 0,28).
p = 0,02
Corrigido em 22/10. Uma versão anterior desta tela, feita com a extração automática por busca de padrões, mostrava “condições de manutenção (água e luz)” subindo de 38% para 86%. Na leitura revisada, quase todos os artigos já relatavam temperatura e ciclo de luz; o que muda são os parâmetros químicos da água. A busca automática também errava o n em 112 de 155 artigos experimentais.
De onde vinham os peixes, por ano de publicação
O fornecedor comercial domina até 2012. A colônia própria aparece nas publicações de 2011 e passa a predominar a partir de 2015; depois de 2017 o fornecedor só aparece em casos isolados. O CeMBE é citado pelo nome nas publicações de 2019 em diante (6 artigos; o protocolo mais antigo entre eles é de 2017). Como “colônia própria” não separa o laboratório do CeMBE, os dados não datam a transição.
’07’10’13’16’19’22’25’26
Fornecedor comercial
Colônia própria (lab. ou CeMBE, o texto não separa)
CeMBE citado pelo nome
Origem não descrita
109 artigos, por ano de publicação (sem estimativa). Passe o mouse numa barra para ver os números do ano.
O resultado depende do corte?
O mesmo indicador refeito de outros jeitos. Cada célula: antes → depois. AB entre os que dizem a linhagem.
Recorte
Artigos
Água
Sorteio
Cegamento
Rastreamento
AB
Ano do experimento, corte 2016 (principal)
75 × 34
52% → 97%
5% → 32%
8% → 27%
49% → 88%
2% → 82%
Ano do experimento, corte 2017
80 × 29
55% → 97%
5% → 38%
8% → 31%
51% → 90%
4% → 90%
Ano estimado com atraso de 2 anos
75 × 34
52% → 97%
5% → 32%
8% → 27%
49% → 88%
2% → 82%
Ano estimado com atraso de 5 anos
81 × 28
56% → 96%
7% → 32%
9% → 29%
52% → 89%
10% → 79%
Só artigos com ano do protocolo (sem estimativa)
73 × 11
52% → 100%
6% → 46%
8% → 36%
49% → 100%
2% → 55%
Ano de publicação, corte 2016
51 × 58
45% → 85%
2% → 24%
10% → 17%
43% → 78%
0% → 52%
Ano de publicação, corte 2017
54 × 55
46% → 86%
2% → 26%
9% → 18%
44% → 78%
0% → 55%
Só adultos
54 × 14
57% → 93%
6% → 36%
6% → 21%
39% → 86%
2% → 79%
Só larvas e embriões
10 × 7
20% → 100%
10% → 0%
30% → 29%
70% → 86%
0% → 86%
Fase mista ou não clara
11 × 13
55% → 100%
0% → 46%
0% → 31%
82% → 92%
0% → 85%
Água, rastreamento e AB sobem em todos os recortes, inclusive só nos adultos (54 × 14) e só com o ano do protocolo (73 × 11). Nas larvas (10 × 7) são poucos artigos para concluir, e o sorteio, por exemplo, não sobe (1 de 10 → 0 de 7).
Os grupos controle ao longo do tempo
Se a mudança na manutenção dos animais mexeu na biologia, o grupo controle (sem tratamento) deveria mudar também. Levantamos 823 valores de controle em 124 artigos experimentais de zebrafish dos quatro pesquisadores: números escritos, conferidos por um segundo agente, e valores lidos de gráficos por duas leituras independentes que concordaram dentro de 10%. Cada ponto é um experimento; a linha cinza é a mediana do ano; a linha laranja marca 2016.
Tanque novo (adultos): distância por minuto
Estável. Sem dividir pela duração do teste parecia cair, mas era só a mistura de testes de 5, 6, 15 e 30 minutos.
Mediana antes de 2016: 2,93 (27 artigos) → depois: 2,8 (19 artigos) · m/min · p = 0,13
Crise por PTZ (adultos): latência ao estágio III
A latência do controle dobra depois de 2016, mas são poucos artigos (6 antes, 3 depois) e pode ser mudança de protocolo (dose, forma de exposição).
Mediana antes de 2016: 167 (6 artigos) → depois: 397 (3 artigos) · s · p = 0,003
Locomoção larval: distância por minuto
Cai depois de 2016. Pode ser mudança de protocolo (placa, luz, idade das larvas) e não dos animais: é a pergunta para o laboratório.
Mediana antes de 2016: 130 (15 artigos) → depois: 85 (17 artigos) · mm/min · p = 0,008
Que a transição causou essas mudanças. No mesmo período mudam o programa de rastreamento e as exigências das revistas, como as diretrizes ARRIVE (2010, revisadas em 2020). O que os dados mostram é que as mudanças acontecem juntas.
Que os controles mudaram por causa dos animais. Valores de controle dependem do protocolo (duração, tanque, iluminação, dose), e os dados de controle ainda não foram conferidos pelo laboratório.
Se o tamanho amostral mudou. O n varia por ensaio dentro do mesmo artigo e muitas vezes é “pelo menos X”; ainda não foi comparado.
Quando os experimentos foram feitos. Nenhum artigo informa o período dos experimentos; o ano do protocolo é o melhor indício e é um limite inferior.
Valores p pelo teste exato de Fisher, só descritivos: dados observacionais, sem correção para várias comparações.