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Antes × depois de 2016: o que mudou nos estudos com zebrafish feitos na PUC

109 artigos experimentais com zebrafish, feitos na PUCRS, lidos no texto completo. Comparamos os experimentos de antes de 2016 (75 artigos) com os de 2016 em diante (34). Cada dado foi lido por um agente de IA, que citou o trecho do artigo, e conferido por um segundo agente independente. Ainda não foi conferido por ninguém do laboratório. Análise e página elaboradas por attrindade.com.

Como chegamos aos 109 artigos

  1. 460
    1. Todos os registros
  2. 181
    2. Zebrafish no corpus
  3. 113
    3. Feitos na PUC
  4. 109
    4. Estudos experimentais (sem revisões nem triagem de toxicidade)

Dos 109: 85 estão no currículo da Carla e 24 só nos de Mônica, Rosane ou Maurício. Critérios em registros/criterios_corpus.md.

Ano do experimento. Usamos o ano do protocolo da comissão de ética, que 84 dos 109 artigos trazem. Nesses, a publicação saiu, na mediana, 3 anos depois do protocolo (metade entre 2 e 4 anos). Nos outros 25, o ano é estimado como publicação − 3. Os protocolos recentes têm número de 4 dígitos sem ano, por isso 23 dos 34 do grupo “depois” têm ano estimado. A tabela mais abaixo refaz tudo de outros jeitos.

O que mudou

Cinza: antes de 2016 (75 artigos). Azul: 2016 em diante (34 artigos). Medimos o que o artigo relata; não relatar não quer dizer que não foi feito.

Parâmetros da água: de metade para quase todos

Pelo menos dois entre temperatura, pH, condutividade, oxigênio dissolvido e amônia. O ciclo de luz não conta.

Antes
52% (39 de 75)
Depois
97% (33 de 34)

Contando também o ciclo de luz, quase todos já relatavam antes: 92% → 97%. A diferença está nos parâmetros químicos da água.

p < 0,001

Sorteio dos animais entre os grupos

O artigo diz que os animais foram distribuídos ao acaso entre os grupos.

Antes
5% (4 de 75)
Depois
32% (11 de 34)

Contando também “escolhidos ao acaso” (sem sorteio entre grupos): 12% → 44%.

p < 0,001

Software de rastreamento — e troca de programa

Software que segue o peixe no vídeo, citado nos métodos. Antes: ANY-maze 33, EthoVision 4. Depois: EthoVision 27, ANY-maze 3.

Antes
49% (37 de 75)
Depois
88% (30 de 34)

p < 0,001

A linhagem AB passa a ser a regra

Entre os artigos que dizem a linhagem. Antes, quase todos diziam só “selvagem”. Acompanha a troca de peixe comprado por colônia própria.

Antes
2% (1 de 68)
Depois
82% (28 de 34)

Peixe de fornecedor comercial, entre os que dizem a origem: 41 de 71 antes → 1 de 32 depois.

p < 0,001

Critério de exclusão de animais

O artigo diz quando e por que animais foram retirados da análise.

Antes
21% (16 de 75)
Depois
59% (20 de 34)

Cálculo do tamanho amostral relatado: 0 de 75 → 5 de 34 (p = 0,002).

p < 0,001

Avaliação cega

Quem mediu o comportamento não sabia o grupo do animal.

Antes
8% (6 de 75)
Depois
27% (9 de 34)

Pelo ano de publicação a diferença é menor: 10% → 17% (p = 0,28).

p = 0,02

Corrigido em 22/10. Uma versão anterior desta tela, feita com a extração automática por busca de padrões, mostrava “condições de manutenção (água e luz)” subindo de 38% para 86%. Na leitura revisada, quase todos os artigos já relatavam temperatura e ciclo de luz; o que muda são os parâmetros químicos da água. A busca automática também errava o n em 112 de 155 artigos experimentais.

De onde vinham os peixes, por ano de publicação

O fornecedor comercial domina até 2012. A colônia própria aparece nas publicações de 2011 e passa a predominar a partir de 2015; depois de 2017 o fornecedor só aparece em casos isolados. O CeMBE é citado pelo nome nas publicações de 2019 em diante (6 artigos; o protocolo mais antigo entre eles é de 2017). Como “colônia própria” não separa o laboratório do CeMBE, os dados não datam a transição.

’07’10’13’16’19’22’25’26
  • Fornecedor comercial
  • Colônia própria (lab. ou CeMBE, o texto não separa)
  • CeMBE citado pelo nome
  • Origem não descrita

109 artigos, por ano de publicação (sem estimativa). Passe o mouse numa barra para ver os números do ano.

O resultado depende do corte?

O mesmo indicador refeito de outros jeitos. Cada célula: antes → depois. AB entre os que dizem a linhagem.

RecorteArtigosÁguaSorteioCegamentoRastreamentoAB
Ano do experimento, corte 2016 (principal)75 × 3452% → 97%5% → 32%8% → 27%49% → 88%2% → 82%
Ano do experimento, corte 201780 × 2955% → 97%5% → 38%8% → 31%51% → 90%4% → 90%
Ano estimado com atraso de 2 anos75 × 3452% → 97%5% → 32%8% → 27%49% → 88%2% → 82%
Ano estimado com atraso de 5 anos81 × 2856% → 96%7% → 32%9% → 29%52% → 89%10% → 79%
Só artigos com ano do protocolo (sem estimativa)73 × 1152% → 100%6% → 46%8% → 36%49% → 100%2% → 55%
Ano de publicação, corte 201651 × 5845% → 85%2% → 24%10% → 17%43% → 78%0% → 52%
Ano de publicação, corte 201754 × 5546% → 86%2% → 26%9% → 18%44% → 78%0% → 55%
Só adultos54 × 1457% → 93%6% → 36%6% → 21%39% → 86%2% → 79%
Só larvas e embriões10 × 720% → 100%10% → 0%30% → 29%70% → 86%0% → 86%
Fase mista ou não clara11 × 1355% → 100%0% → 46%0% → 31%82% → 92%0% → 85%

Água, rastreamento e AB sobem em todos os recortes, inclusive só nos adultos (54 × 14) e só com o ano do protocolo (73 × 11). Nas larvas (10 × 7) são poucos artigos para concluir, e o sorteio, por exemplo, não sobe (1 de 10 → 0 de 7).

Os grupos controle ao longo do tempo

Se a mudança na manutenção dos animais mexeu na biologia, o grupo controle (sem tratamento) deveria mudar também. Levantamos 823 valores de controle em 124 artigos experimentais de zebrafish dos quatro pesquisadores: números escritos, conferidos por um segundo agente, e valores lidos de gráficos por duas leituras independentes que concordaram dentro de 10%. Cada ponto é um experimento; a linha cinza é a mediana do ano; a linha laranja marca 2016.

Tanque novo (adultos): distância por minuto

Estável. Sem dividir pela duração do teste parecia cair, mas era só a mistura de testes de 5, 6, 15 e 30 minutos.

Mediana antes de 2016: 2,93 (27 artigos) → depois: 2,8 (19 artigos) · m/min · p = 0,13

Crise por PTZ (adultos): latência ao estágio III

A latência do controle dobra depois de 2016, mas são poucos artigos (6 antes, 3 depois) e pode ser mudança de protocolo (dose, forma de exposição).

Mediana antes de 2016: 167 (6 artigos) → depois: 397 (3 artigos) · s · p = 0,003

Locomoção larval: distância por minuto

Cai depois de 2016. Pode ser mudança de protocolo (placa, luz, idade das larvas) e não dos animais: é a pergunta para o laboratório.

Mediana antes de 2016: 130 (15 artigos) → depois: 85 (17 artigos) · mm/min · p = 0,008

Ver todos os desfechos, com filtros e o trecho de cada valor →

O que ainda não dá para dizer

Valores p pelo teste exato de Fisher, só descritivos: dados observacionais, sem correção para várias comparações.